Οι διεθνείς πολιτικές εξελίξεις που οδήγησαν στη κατάργηση του διπολισμού στα τέλη της δεκαετίας του 1980, επαναπροσδιόρισαν το ρόλο της Ελλάδος, ως χώρας μέλους της Ευρωπαϊκής Ένωσης στη Ν.Α. Ευρώπη και στην ευρύτερη περιοχή του Εύξεινου Πόντου και της Ανατολικής Μεσογείου.
Η σταδιακή ανάπτυξη των ενεργειακών πολιτικών της Ευρωπαϊκής Ένωσης η ανάγκη αναδιάρθρωσης των εθνικών αγορών ενέργειας και ενίσχυση των σχέσεων περιφερειακής συνεργασίας στα θέματα αυτά οδήγησε στην ανάληψη και διεκπεραίωση μιας σειράς πρωτοβουλιών περιφερειακής κλίμακας. Στην περιοχή της Νοτιo-ανατολικής Ευρώπης ειδικότερα, επέτρεψε την ανάπτυξη μιας δέσμης πρωτοβουλιών οι οποίες απέβλεπαν στην ενίσχυση των περιφερειακών ενεργειακών διασυνδέσεων στους τρεις βασικούς τομείς, της ηλεκτρικής ενέργειας,, του φυσικού αερίου και του πετρελαίου, όπως επίσης και στην ενίσχυση των προσπαθειών αναδιάρθρωσης των υφιστάμενων μονοπωλιακών αγορών ενέργειας.
Μέσα σε αυτό το πλαίσιο πολιτικών δημιουργήθηκε η Ομάδα Ενεργειακής Πολιτικής (ΟΕΠ) του Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ) με βασικό γεωγραφικό πεδίο δραστηριοτήτων την ευρύτερη περιοχή του Εύξεινου Πόντου-Κασπίας, της Ανατολικής Μεσογείου και βεβαίως της Ν.Α. Ευρώπης.
Η συστηματική μελέτη και επιτυχής ανάλυση του ενεργειακού τοπίου της περιοχής οδήγησαν σε μια σειρά μελετών, προτάσεων και πρωτοβουλιών που έτυχαν της αποδοχής των βασικών “ενεργειακών παικτών” της περιοχής.
Η απογραφή και αξιολόγηση των ενεργειακών διασυνδέσεων των Βαλκανίων και η πρωτοβουλία για τη συγκρότηση της περιφερειακής αγοράς ηλεκτρικής ενέργειας στη Ν.Α. Ευρώπη αποτέλεσαν δύο από τις πλέον σημαντικές επιτυχίες της ΟΕΠ που επικυρώθηκαν μέσα από ένα αντίστοιχο αριθμό διεθνών συναντήσεων, υπουργικών συνεδρίων και κειμένων πολιτικής συμφωνίας τα οποία προετοίμασε και διαπραγματεύθηκε η ΟΕΠ.
Η πρόταση του καθηγητή Δημητρίου Μαυράκη για τη δημιουργία του Κέντρου Ενεργειακής Πολιτικής και Ανάπτυξης, προέκυψε ως φυσιολογική εξέλιξη των διεθνών δραστηριοτήτων και της διεθνούς αναγνώρισης του ρόλου της ΟΕΠ, αλλά και της ανάγκης εφοδιασμού της χώρας με ένα πανεπιστημιακού επιπέδου κέντρου δημιουργίας αντίστοιχου επιστημονικού δυναμικού.
Με την ενθάρρυνση του Έλληνα επιτρόπου της Ε.Ε. αρμόδιου για θέματα ενεργειακής πολιτικής, υψηλόβαθμων στελεχών της Ευρωπαϊκής Ένωσης, της ελληνικής κυβέρνησης, με τη σύμφωνη γνώμη του αείμνηστου αντιπρύτανη Ιωάννη Δρακόπουλου και την καθοριστική για την υλοποίηση του ΚΕΠΑ έγκριση και ένταξη στο ΠΕΠ Αττικής του Β’ Κ.Π.Σ. από τον Γεν. Γραμματέα της Περιφερειακής Αττικής κ. Νικόλαο Μιχαλόπουλο δρομολογήθηκε η δημιουργία και κατασκευή του κτηρίου ΚΕΠΑ το 1995.
Μετά από ένα μακρύ διάστημα εκπόνησης μελετών και αναζήτησης της τελικής θέσης του κτηρίου το ΚΕΠΑ θεμελιώθηκε το 1999 από τον πρύτανη του πανεπιστημίου καθ. κ. Κων. Δημόπουλο παρουσία του αείμνηστου Γεν. Γραμ. ΥΠΑΝ κ. Αντ. Παπαθανασόπουλου.
Η κατασκευή και ο εξοπλισμός του ΚΕΠΑ ολοκληρώθηκε το 2002, έτος κατά το οποίο άρχισε να λειτουργεί.
Το ΚΕΠΑ διέπεται από το θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας του Πανεπιστημίου και οι οικονομικές συναλλαγές του, εις ότι αφορά την εκτέλεση των προγραμμάτων και αποστολών που αναλαμβάνει εκτελούνται μέσω του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας.